Fundacja Muzeum Historyczno-Wojskowe została zarejestrowana 12 listopada 2010 roku. Początki działania dzisiejszego Muzeum sięgają jednak roku 2003, kiedy to została zorganizowana pierwsza skromna wystawa w I Liceum Ogólnokształcącym im. Mikołaja Kopernika w Toruniu z okazji obchodzonego 27 września Dnia Polskiego Państwa Podziemnego. Muzeum ulokowane jest w piwnicy I Liceum Ogólnokształcącym im. Mikołaja Kopernika w Toruniu.
